जैविक खाद और कीट नियंत्रण विधियों की लागत पारंपरिक तरीकों से अधिक हो सकती है। इसके अलावा, जैविक खेती में अधिक श्रम की आवश्यकता होती है, जिससे लागत बढ़ सकती है।
जैविक उत्पादों को बेचने के लिए आमतौर पर प्रमाणन की आवश्यकता होती है। यह प्रक्रिया जटिल और समय लेने वाली हो सकती है।
कई बार किसानों को जैविक खेती की स्थानीय जलवायु और मिट्टी के अनुकूल परंपरागत तरीकों के बारे में पर्याप्त जानकारी नहीं होती है। इससे फसल उत्पादन प्रभावित हो सकता है।
पारंपरिक कृषि की तुलना में, जैविक खेती को सरकारी सब्सिडी कम मिलती है, जिससे किसानों के लिए मुनाफा कम हो जाता है।
जैविक खाद्य पदार्थों में प्रिजर्वेटिव नहीं होते हैं, जिससे उनकी शेल्फ लाइफ कम हो जाती है।